经皮肾镜取（碎）石术适应证广泛，凡保守治疗不能排出的结石（直径大于1cm以上）均可用本法治疗。但身体明显肥胖者用本法治疗较困难，左、右肾上极结石分别合并肝脾肿大者不宜作此手术，以免损伤肝脾而导致不良后果。 经皮肾镜取（碎）石术还可发生邻近器官如肝、脾、胰、十二指肠、结肠、肺及胸膜损伤，偶可发生气胸，故手术操作过程要十分细心。此外偶有发生肺栓塞、套石篮断裂残留的报道。
手术具体方法是要建立由皮肤到肾脏内的最佳通道，即靠结石最近的通道，然后分期完成取石。可在荧光屏透视下用套石篮取石或用取石钳抓取结石，也可先用机械碎石、超声碎石或液电碎石等手段将结石击碎，然后逐个用取石器械取出。
经皮肾镜取（碎）石术的并发症主要有出血、感染、肾盂肾盏或肾实质损伤等。手术中出血除与手术不当、止血不彻底有关外，尚与感染、炎性肉芽肿引起血管破坏、血栓脱落等因素有关。感染是经皮肾镜取（碎）石术最常见的并发症之一，以尿路感染为最常见，严重者可发生败血症，尿培养最常见为大肠杆菌，其次为链球菌、葡萄球菌等。发热虽为感染后的最常见临床症状，但15%-20%的患者术后24-48小时内也可发热，有时高选39%-40%以上，一般持续2-3天消退，而尿培养均为阴性，亦尤其他感染迹象，此即所谓术后高热，并非由感染引起。
经皮肾镜取（碎）石术是治疗肾与输尿管结石的主要手段之，与开放手术取石相比，具有损伤小、恢复快、费用低等优点。若与体外震波碎石联合应用，则肾结石的治疗成功率可选98%，输尿管结石的治疗成功率达80%-90%。
